无论是蛋白质组学还是蛋白质药物，采用酶解后采用串联质谱批量鉴定肽段（比如数千或数万个肽段），是极为常见的手段。组学就是靠【相对比例差异】来判断【差异肽】，进而推测【候选生物标志物】。蛋白质药物中的修饰肽比例，也是采用质谱离子强度计算出相对比例，进而来判断修饰位点强弱，或目标肽主次。

那么，如果质谱离子强度不真实呢？相对比例是不是就失真了？我这里举几个例子，3个肽段都是双电荷，但是它们的同位素峰分布非常不同。质谱软件都是以肽段的单同位素峰为母离子来进行的，因此，计算相对比例时，极大概率是使用单同位素峰的离子强度。很显然，本案例中的3个肽的比例一定失真了。

比较靠谱的肽离子强度是，各同位素峰强度累加，或去卷积后的累加离子强度，肽段强度数据与软件很有关系。这样的软件才是靠谱的。具备自动化“以单同位素峰为母离子、以累计峰为肽离子强度”的软件比较少，目前用的某些转mgf的软件均不能满足这个功能。我们正在研究解决的办法，肯定得自己写软件，欢迎推荐此类软件，我试试。

对于目标肽较少时，可以采用EIC的色谱积分来代替单个峰的强度，设置合理的窗口宽度就非常关键了。有几家质谱公司的软件是可以实现这个，应该算是很不错的做法，但没法大批量处理非目标研究法（untargeted quantitation）。

XIC一般是采用最强同位素峰的强度来代替肽的强度，比单纯单同位素峰强度法要好很多，文献中很常用。

总之，相对比例就是相对比例，别当成了定量分析（质谱定量分析有很靠谱的方法，是targeted quantitation，不是大批量的，更不是untargeted quantitation的。

【wkh, 2023-10-31 17:40:12】 【责任人 wkh】 [已阅读 492 次]