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技术】【分享】HPV序列及二硫键统计分析

   从NCBI和UniProt下载HPV序列8988条,非冗余序列7265条。共涉及114个型别:HPV1、HPV2、HPV3、HPV4、HPV5、HPV6、HPV6、HPV7、HPV8、HPV9、HPV10、HPV11、HPV12、HPV13、HPV14、HPV15、HPV16、HPV17、HPV18、HPV19、HPV20、HPV21、HPV22、HPV23、HPV24、HPV25、HPV26、HPV27、HPV28、HPV29、HPV30、HPV31、HPV32、HPV33、HPV34、HPV35、HPV36、HPV37、HPV38、HPV39、HPV40、HPV41、HPV42、HPV43、HPV44、HPV45、HPV47、HPV48、HPV49、HPV50、HPV51、HPV52、HPV53、HPV54、HPV55、HPV56、HPV57、HPV58、HPV59、HPV60、HPV61、HPV62、HPV63、HPV65、HPV66、HPV67、HPV68、HPV69、HPV70、HPV72、HPV73、HPV74、HPV75、HPV76、HPV77、HPV78、HPV80、HPV81、HPV82、HPV84、HPV87、HPV89、HPV90、HPV94、HPV95、HPV101、HPV102、HPV103、HPV115、HPV117、HPV125、HPV126、HPV138、HPV139、HPV142、HPV146、HPV147、HPV150、HPV151、HPV153、HPV159、HPV175、HPV180、HPV197、HPV27B、HPV2A、HPV35H、HPV38B、HPV57B、HPV5B、HPV68A、HPV68B、HPV6B、HPV72B。

   含二硫键注释的非冗余序列2985条,标注非冗余文献126篇。序列分子量40kDa~50kDa共182条,50kDa~60kDa共2664条,60kDa~70kDa共138条,40kDa以下1条。

   Cys数从2~17个,绝对多数是1对二硫键(L1,Cys175–Cys428,Cys185–Cys428可能是它的过渡态;个别文献给出了2对):171-423、171-421、172-423、172-424、172-425、173-423、173-425、173-427、173-428、173-430、173-438、173-439、174-426、174-427、174-428、174-429、174-431、174-441、174-442、174-445、175-426、175-427、175-428、175-429、175-430、175-434、175-438、175-439、175-440、175-442、175-443、175-444、175-445、176-427、176-428、176-429、176-430、176-432、176-433、176-434、176-435、176-439、176-440、176-441、176-442、176-447、177-431、177-432、177-439、177-440、177-444、177-445、177-446、178-430、178-432、178-435、178-437、178-444、178-445、179-435、179-442、181-434、181-441、182-434、184-453、188-438、189-439、198-451、198-452、199-449、200-453、200-459、201-453、201-454、201-455、202-453、202-456、202-458、203-456、203-457、203-458、204-458、204-459、204-474、205-457、205-460、206-460、208-460、209-461、215-467、216-478、235-485、236-490、237-491、238-490、238-492、282-533、285-536,共98种

   1068条序列标注链间二硫键,发生在五聚体之间,是颗粒完整组装的关键因素之一;1917条序列则为链内二硫键。自由巯基数在0~15个之间。通过点突变研究,发现仅3~5个自由巯基位点与组装稳定性有关,其它多数Cys貌似存在的意义不大,这很难想象HPV进化过程发生了什么特殊的事件。不过,诺如病毒也有此特征。

   标注了交联(CROSSLNK)的非冗余序列1347条,共55个位点。



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【wkh, 2025-02-21 15:15:57】 【责任人 wkh】 [已阅读 70 次]


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