蛋白降解是个十分常见的现象，它可能发生在表达体系里，多数是酶的后果，适当加入蛋白酶抑制剂是重要的。还有就是介质环境下的非特异性水解，pH，温度，缓冲体系种类等都有影响。

如今质谱很强大了，当我们得到一个比较精确的分子量后，我们能迅速判断蛋白序列是否与预期一致，但是，我们肯定不能从分子量就推测出一个序列。不信的话，自己去计算一下，1Da偏差会对应多少蛋白，出乎你的意料！

有时候，我们测出了某蛋白的一个降解产物的分子量，我们如何快速【猜一猜】它的序列呢？我10多年前就写了这么个软件，给出原始序列，再给出实测分子量，然后指定偏差，偏差一般要大一点【因为可能有修饰，也考虑质谱仪器偏差】，本软件会全自动扫描序列，把所有设定偏差以内的序列都计算出来，从而得到一系列候选序列。

猜序列有时候有点用，但绝对不可以就此为止，测定Edman和LC-MS/MS是不可缺少的。

永远别仅仅从分子量来推定死一个序列！
永远别对糖蛋白等复杂修饰蛋白进行这个序列猜一猜。
永远要对猜的结果进行验证。

以下是软件网址，完全免费。

http://www.tofms.org/CalMW/PepSeq_wkh_index.asp



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【wkh, 2019-03-26 21:04:11】 【 123.151.77.81】 【责任人 wkh】 [已阅读 1097 次]