【原创图文实例】串联质谱鉴定突变或修饰的真与假

【注】在解析某Edman结果时，许多结果中有1个位点信号太低，几乎难以确认，反复查看该氨基酸的其它测序结果，确认它不应该那样弱，怀疑是不是有突变。然后，有了以下意外发现......

串联质谱是蛋白质组学诞生的核心因素之一，目前几乎成为了蛋白质、多肽鉴定的首选方法和极可靠方法。质谱仪早已是全球分析仪器销量极大、金额极大的科学仪器，我国甚至某一年进口高达4000台，累计应该有了10多万台。各行各业都在广泛使用质谱仪，有些单位使用率较高，效果也很好，但有些仪器在闲置中。质谱仪器有简单的，也有复杂的。质谱的结果未必都是真的，假阳性时常在我们的工作中出现，你或许并未意识到。

串联质谱的原理并不复杂，主要是根据碎片离子（图1）进行拼接，包括骨架拼接和侧链拼接，它并没有真正考虑化学反应性原理、生物学原理。显然，拼接的正确率是关键，有些软件算法较完善，正确率较好，也有些软件算法太简单，假阳性高。对于修饰的鉴定，侧链碎片的解析尤为重要，这一方面需要仪器硬件的良好支持，也需要良好的化学知识和计算技术。搜索引擎只是工具，其结果首先需要人工或软件辅助去除假阳性，然后进行才能进行后续分析。我们在这方面花费了特别大的精力，还需要良好的化学知识、生物知识、经验、技术等配合，不同的应用场合需要不同的排除规则。即使这样，难免还会有假阳性结果出现，所以，我们宁肯少鉴定也要保证高准确性、低假阳性（FDR小于5%）。

一般性研究（比如普通论文），串联质谱验证突变或修饰基本是可以了。对于比较重要的修饰或突变（尤其是药物），必须进行多种角度的验证，必要时还需要进行质控，即使是脱酰胺、氧化这类常见修饰，我们也正在与某生物药企业进行这类合作研究。常常采用专一性酶去除或导入某种修饰，然后进行串联质谱、色谱保留、生物活性等行为比较，有些情况下甚至需要NMR、x-Ray来确认。对于点突变的确证，多肽合成对照品是应该的，串联质谱也是必须的，NMR常常是需要的。



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【wkh, 2018-10-14 11:02:39】 【责任人 wkh】 [已阅读 747 次]