本人参加药审较多，经常看到某些CRO提供的串联质谱鉴定二硫键的报告，他们会给一个串联质谱碎片离子图，也不管碎片离子好不好、二硫键碎片离子好不好，反正就号称成功鉴定了，在我看来，这个做法纯粹是忽悠非专业人员。

本文将对公开的串联质谱鉴定二硫键的数据进行点评，我们来看看串联质谱鉴定二硫键到底有什么问题、靠谱不靠谱？本案例所用的数据来自以下网站，大家可以去看看。

http://www.matrixscience.com/cgi/peptide_view.pl?file=..%2Fdata%2FF002553.dat;_msresflags=3138;_msresflags2=2314;ave_thresh=37;db_idx=1;hit=1;index=LYSC_CHICK;px=1;query=1101;section=5

首先，此页面介绍的是1个T酶解肽，含3个Cys，页面认为前2个Cys形成肽内二硫键（如果是肽间二硫键，这比本案例要复杂很多）。

然后，看二硫键相关碎片离子，匹配了b9和y21，但b9几乎在图中找不到，y21强度很低（当然，本肽的碎片离子整体都不好），因此，所碎片离子匹配了二硫键C1-C2，就是孤证。这是很多论文里的常见做法，既不会管是不是假阳性，更不会进行交叉验证或多实验方案协同分析，找到1个能匹配上的碎片离子，就写论文发表。如果这样的研究有价值，那应该是其研究思路，而不是验证研究思路的技术了。

总之，很多蛋白质的二硫键是很复杂的，不仅仅有预期二硫键，还可能存在非预期二硫键，必须同步进行解析。二硫键的串联质谱碎片是很复杂的，其碎片离子规律未必完全遵从经典的肽段ms/ms原理，尤其是其解析方法还缺乏公认的准则和规范，一定要特别仔细解读二硫键碎片离子，。单纯以串联质谱直接鉴定二硫键，肯定是不严谨的，假阳性可能特别高，不排除存在有意忽悠的情况，应该结合其它方法共同来解析蛋白质的二硫键。



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【wkh, 2022-05-01 15:36:22】 【责任人 wkh】 [已阅读 420 次]