看过不少药学结构确证资料，发现MS/MS图很热门，部分人员（多数是CRO）动不动就摆上一堆MS/MS图（几乎没有人给出核心结构的碎片离子统计），表面上相当的有说服力，但仔细看图就发现，应该被匹配上的关键结构的MS/MS碎片离子极少甚至几乎没有，也就是说，所给的MS/MS结果实际上并没有证实目标结构被串联质谱鉴定（如修饰、突变、二硫键、交联等）。

本人写药物分析软件20多年，也是我院最早获得计算机软件著作权的人员。从最早的第一代基于PMF和彻底酶解的二硫键分析（Sanalyser 1.0~3.0），后来写了很多个MS/MS版本，总感觉差了一些关键元素。去年开始，深度研究了多个商业软件的匹配算法和结果，发现不少问题和缺陷，最关键是缺乏质控要素。所以，本人重新构思了很久，尝试了很多计算策略（交联和二硫键），经过反复比对和验证，最终选定了一套完整的二硫键连接肽的碎片离子匹配算法，计算结果可靠、运行速度快、存盘结果较丰富、质控能力较强。用我的计算结果产生的mgf检索Mascot，得到了某二硫键肽的MS/MS结果，参见图1。

图1 SSsuite2.0计算结果被Mascot验证（更多的匹配表，未给出）

【wkh, 2023-01-31 11:27:14】 【责任人 wkh】 [已阅读 430 次]