想当初，“基因组数据库、双向电泳、胶内酶切和PMF”4大技术的完美结合，蛋白质组学才得以诞生！在蛋白质组学早期，PMF立下汗马功劳！特别是mascot，当年那是一家独大啊。

然而，这么多年过去了，mascot PMF鉴定蛋白中的一个大问题一直没有解决：1个mz只匹配1个肽段!如果刚好匹配错误的肽段呢？你可能毫不知情！这不仅是个巨大的错误，而且是个太低级的笑话了。

大家都知道，1个蛋白中很可能有多个序列的mz是很接近的，当MALDI-TOF 获得PMF时，误差很难小于0.1Da,这样会大大增加“同质异序”的概率。即使是FT-ESI质谱，LC-MS测定时的偏差也能达到0.01Da，这当然会大大降低假阳性。

问题是，mascot为什么不改一下算法呢？很难吗？应该不是。我能理解的是，PMF已经基本被蛋白质组学淘汰了，mascot没必要浪费时间和金钱了。

所以，如果你还在双向电泳+PMF，那你真的Out了。

不过，我自己写了代码克服mascot的这个错误,只内网使用......



更多精彩文章，请关注公众号 【药网堂】

All rights reserved , visit the micromessage 药网堂 for more @ tofms_org@126.com

【wkh, 2016-12-13 18:55:01】 【责任人 wkh】 [已阅读 768 次]