北京某著名药物研究单位开发了某重组蛋白药物，研究过程发现该药物容易降解，他们对此进行了研究，制备了降解产物，并初步确认该降解产物是原蛋白中部降解而来，但不确定具体降解位点。

前不久，我们受委托确定该重组药物的降解位点。根据客户提供的重组蛋白的全长序列，我们根据以往研究降解位点的经验制定第一套方案。从ESI结果看，送检样本纯度较高，分子量不大，测量偏差低于0.3Da。通过本站软件检索降解位点，未找到符合偏差的片段【如果放大偏差，则可以】，提示送检样本的序列与预期序列可能存疑。

采用某酶切结合LC-MSMS方法进一步进行结构确证，以本地数据库和swissprot检索，结果不能鉴定该蛋白。对于人工制备的蛋白，这是不太可能发生的情况。本地库已经包含了样本全序列，一般鉴定得分应该达数千分或上万分以上。另外，sprot包含样本序列吗？为此我们进行了blast比对分析，证实确实包含，也就是说，不存在数据库漏检的可能。

既然该蛋白较纯，样本量较大，质谱信号很丰富，为什么没有成功鉴定呢？肯定是序列信息与实物不一致。那是否有与实物匹配的蛋白呢？为此，我们用NCBInr进行了检索，结果成功鉴定出某蛋白，得分700分左右，序列覆盖率高于30%，片段偏差均小于0.02Da，说明结果可信。由此我们可以得出结论，送检样本的序列跟预期极其不一致，而与某蛋白【也是重组蛋白】有一定同源性但一致性并非很高。

出现上述情况的可能原因，或许是菌种有误，或者工艺有误，或者送样出错。

【该研究报告已发送给该药物研究所，素材将整理成论文发布，敬请关注】

【wkh, 2014-10-13 07:25:59】 【 218.241.202.194】 【责任人 wkh】 [已阅读 1524 次]