某质谱软件的采集模式与常规质谱仪器非常不同，深度理解它的“母-子离子对”对齐算法，是很不容易的。软件可以导出格式为 PUG 的文件（图1），打开看，也就是MS m/z和MS/MS m/z数据集，看不出两者的关联关系，所以，一定需要其它信息来进行对齐计算。

   对于蛋白鉴定， 大概率是从序列和修饰来计算理论母离子m/z和碎片离子m/z，实际只支持b/y离子（图1），然后进行穷举法匹配。毫无疑问，这样的算法肯定有大量 “同一个碎片离子匹配多个母离子”，这将带来大量“假阳性”。

   如果增加一个CID能量，从而产生两种碎片离子数据集，再进行上述匹配，应该可以降低部分假阳性。CID的isolation window 决定了最终的假阳性的高低。

   非常奇怪的是，m/z的小数点位数巨多，我非常确定，没有哪家的质谱仪器能达到如此高的分辨率和精度，大概率是软件工程师不太专业。各位有何看法？欢迎指正。

【wkh, 2024-11-11 16:38:37】 【责任人 wkh】 [已阅读 137 次]